Secara historis, berdirinya pusat spiritualitas Sumur Yakub melewati proses yang panjang. Karena itu tentu panjang juga ceritanya kalau mau dikisahkan secara tertulis. Namun secara singkat bisa dikatakan bahwa ide terbentuknya Sumur Yakub bermula dari Kapitel Jenderal SVD (pertemuan para pimpinan SVD sejagad) ke-13 tahun 1988 di Nemi-Italia. Salah satu resolusi penting dalam pertemuan para pimpinan SVD sejagat tersebut adalah perlunya upaya membentuk “Pusat Spiritualitas Arnoldus Janssen” guna memberikan penyegaran rohani bagi putra-putri Arnoldus Janssen (Pendiri SVD, SSpS dan SSpS-AP) sekaligus memperdalam nilai-nilai dan spiritualitas Arnoldus Janssen.

Setelah kapitel tersebut, Pater Hendrik Berlage SVD sebagai Superior Jenderal SVD dan Suster Annamari, SSpS sebagai Superior Jenderal SSpS, pada waktu itu, menanyakan kepada para provinsial SVD, SSpS dan SSpS-AP di seluruh dunia tentang perlu tidaknya Pusat Spiritualitas untuk para anggota ketiga tarekat tersebut. 

Sebuah ‘Panitia ad hoc’ dibentuk untuk menggodok input dari para provinsial di seluruh dunia tentang rencana tersebut. Berdasarkan input-input yang diperoleh, Panitia ad hoc ini kemudian mengirim satu memorandum kepada Superior Jenderal SSpS, SSpS-AP, SVD dan Pater Henrik Heekeren SVD yang berisikan pernyataan bahwa para provinsial ketiga tarekat tersebut menghendaki berdirinya suatu Pusat Spiritualitas. 

Tujuan sentrum  spiritual tersebut yakni untuk:

1. Menghidupi dan membantu para anggota untuk hidup dalam semangat spiritualitas  misioner
2. Memajukan studi tentang warisan-warisan rohani agar dapat menjabarkan Spiritualitas misioner dalam konteks budaya dan situasi masa kini
3. Mendorong dan menyatukan usaha yg dijalankan oleh ketiga  Kongregasi
4. Menyemangati kaum awam dalam hidup dan karya pengabdian mereka

Memorandum Panitia ad hoc tersebut kemudian dipelajari dan didiskusikan oleh ketiga Superior Jenderal. Hasil diskusi itu kemudian dikomunikasikan kepada para provinsial SVD dan SSpS seluruh dunia lewat surat resmi yang memuat Tujuan, Nama, Personil yang akan duduk sebagai Tim Inti dan Kegiatan-kegiatan Pusat Spiritual tersebut. 

Setelah melewati tahapan-tahapan yang lama akhirnya pada tanggal  8 Desember 1989, tepat pada Pesta 100 Tahun SSpS, lahirlah Ikrar Suci dari SVD, SSpS, dan SSpS AP yang ditandatangani oleh Superior Jenderal SSpS (Sr. Annemari, SSpS), Superior Jenderal SSpS AP (Sr. Aurora Marisigan, SSpS AP), dan  Superior Jenderal SVD (P. Henry Barlage, SVD). Isi dari pada ikrar ini adalah:

• memulai Pusat Spiritualitas Arnoldus Janssen pada tanggal  15 Januari 1990;
• menunjuk P. Henry Heekern, SVD sebagai Direktur pertama untuk jangka 3 tahun;
• menyediakan tim inti yang terdiri dari paling kurang 2 SSpS, 2 SVD dan 1 SSpS AP;
• membantu tim inti dalam tugas mereka dalam menemukan cara dan sarana untuk memperjelas dan meningkatkan warisan rohani Beato Arnoldus Janssen;
• dan bertemu dalam jangkat waktu  tertentu pada tingkat jenderalat dengan sedikitnya dihadiri oleh dua Superior Jenderal.

Maka pada tanggal 15 Januari 1990 (pesta Beato Arnoldus Janssen) secara resmi berdirilah Pusat Spiritualitas Arnoldus Janssen di Steyl dengan Tim Inti seperti disebutkan di atas. Tim Inti ini kemudian akan diperluas dengan Extended Team yang berasal dari pelbagai wilayah dan provinsi SVD – SSpS seluruh dunia, dan dikuatkan dengan Tim-Tim Wilayah/Nasional dari perlbagai negara.

Untuk membentuk Extended Team, pada tanggal 20 Januari sampai dengan tanggal 20 Februari  1990 Tim Inti menyelenggarakan satu seminar/live-in di Steyl-Belanda dimana dari Indonesia diutus 3 suster SSpS (Jawa, Timor, Flores) dan 3 pater SVD (Ruteng, Timor, Jawa).

Selanjutnya untuk membentuk Tim Wilayah  Indonesia, Tim Inti Steyl menyelenggarakan seminar/lokakarya di Hokeng pada bulan Agustus  dan di Batu bulan Oktober tahun 1993. Sebelum seminar ini, para provinsial SVD – SSpS se-Indonesia dalam pertemuannya di Nenuk, 12 juni 1991,telah membentuk secara resmi Sekretariat Spiritualitas Arnoldus Janssen - Indonesia, yang disingkat dengan SESAJI (Sekretariat Spritualitas Arnoldus Janssen Indonesia) yang kemudian disahkan dengan sebuah Statuta yang ditandatangani di Celaket  2 Mei 1997 oleh ke-7 provinsial SVD – SSpS se-Indonesia       (SVD Jawa, SSpS Jawa, SVD Timor, SSpS Timor, SVD Ende, SSpS  Flores dan SVD Ruteng). Personalia yang duduk  dalam SESAJI ini yang disebut Badan Pengurus Harian (BPH) adalah mereka yang telah mengikuti lokakarya/seminar di Hokeng dan di Batu. Anggota BPH terdiri dari 5 orang (Ketua, Sekretaris, Bendahara dan dua anggota).

Tugas dari BPH adalah merencanakan dan melaksanakan kegiatan-kegiatan animasi rohani bagi sama-saudara dan saudari SSpS dan SVD se-Indonesia. Setiap Tahun diadakan Sidang Pleno SESAJI yang dihadiri oleh para provinsial SVD dan provinsial SSpS se-Indonesia, serta Koordinator  AJS (Arnold Janssen Spirituality) tiap provinsi dan BPH untuk membuat evaluasi kegiatan tahunan dan mensahkan rancangan kegiatan tahun berikutnya. Untuk mempermudah pelaksanaan animasi rohani bagi semua anggota SSpS dan SVD seluruh Indonesia  maka SESAJI dipecah lagi ke dalam 3 wilayah lebih kecil yakni Jawa, Timor, dan Flores dengan BPH-nya masing-masing. Secara nasional telah dilaksanakan banyak kegiatan berupa lokakarya/seminar dengan macam-macam tema (seperti Formator Sebagai Animator, Spiritualitas Kepemimpinan, Komunitas, dan Pembimbing Retret  Terbimbing) dan Tertiat  Nasional. Demi kemudahan koordinasi, efisiensi dan efektivitas kerja maka lebih banyak  kegiatan animasi rohani dilaksanakan di ketiga wilayah tersebut atas.

Setelah dilaksanakan banyak kegiatan animasi rohani di pelbagai wilayah untuk anggota SVD dan SSpS, maka sejak tahun 2004 mulai dipikirkan tentang perlunya satu Pusat Spiritualitas di Indonesia yang dikelolah oleh SVD dan SSpS  Indonesia sehingga bisa melayani kebutuhan rohani bagi para rohaniwan/ti dan awam. Ide ini muncul sejalan dengan seruan Vatikan II dalam dokumen Perfectae Caritatis no. 2 tentang pentingnya kembali ke akar (Allah, Yesus Kristus), dan ke spiritualitas dan karisma tarekat yang harus dihidupi dalam konteks. Ide itu juga muncul untuk menjawabi kebutuhan rohani Gereja Indonesia yang hidup dalam situasi yang ditandai dengan pluralitas agama dan budaya serta antar kongregasi, dan untuk menjalankan serta melayani misi dialog profetis dalam konteks Indonesia. Centrum spiritual itu tidak hanya melayani kebutuhan anggota-anggota tiga tarekat yang didirikan St. Arnoldus Janssen, tetapi juga untuk melayani kebutuhan Gereja Indonesia seluruhnya termasuk  awam yang percaya dan merindukan penyegaran rohani.

Ide tersebut ditegaskan lagi oleh P. Siprianus Setyawan, SVD (alm.) pada tahun 2005 dalam sidang Pleno SESAJI di Noemeto/Kefa, yang kemudian didiskusikan terus menerus dalam pleno-pleno SESAJI pada tahun-tahun berikutnya. Dan pada Kapitel  Provinsi  SVD  Ende ke-20  bulan Desember 2009 di Ledalero ‘menghasilkan salah satu resolusi penting yaitu  Pembentukan  Sebuah Pusat  Spiritualitas guna membantu para rohaniwan-rohaniwati, baik SVD, SSpS , projo maupun awam. Gagasan ini  secara khusus didalami oleh BPH AJS Flores dan LPBAJ Provinsi Ende pada tiga tahun terakhir, yang akhirnya mengerucut pada pleno SESAJI tahun  2013 di Belo-Kupang.

Nama yang diberi untuk Pusat ini adalah “Pusat Spirirutalitas Sumur Yakob” guna membedakannya dengan Pusat spiritualitas Arnoldus Janssen di Steyl-Belanda, dan demi pelayanannya yang diperuntukkan bagi semua rohaniwan-rohaniwati dan awam dalam konteks hidup dan  misi di Indonesia.